Недавно обновили Zabbix сервер и после обновления в процессе запуска начал выдать данное сообщение

Исправить это довольно просто. 

Найдите и отредактируйте файл конфигурации mysql, в Debian он находится по адресу /etc/mysql/mariadb.conf.d/50-server.cnf, и в самом конце файла добавьте следующую строку:

далее перезапускаем БД

Чтобы загрузить базу данных из бэкапа используем следующие команды
если БД не в архиве то выглядит это следующим образом:

Если у вас БД находится в архиве с расширением GZ